97B10 95B9 93B10 95B4 01B14 92B12 02KK2 95B9 04B12 96B24 05H3_5 03KK2 00B5 05B19 04B18 04KK1 03H1 93B9 02B14 BWCH13 04B11 05S7 02B14 96B7 04B14 96S2 05S1 96B3 05B21 96B5 96B15 BWCH2 93B7 84S1 02B17 BWCH16 04B4 05H6 03B10 01B3 00B4 02KK2 02B16 05B18 02B3 89B2 02KK1 89B6 83B1 03S2 03KK2 04B7 03B4 96B5 05B17 05KK1 02B2 CH1 99B23 03B2 02B18 97B3 02B7 tt=scan() tt=scan() 97B22 03B2 BWCH14 02B3 03S1 00B11 96B21 92B3 97B11 96B6 05S1 02B17 96B5 93B11 97B18 97B12 96S2 02B17 03S2 00B5 BWCH1 97B10 95B9 93B10 95B4 01B14 92B12 02KK2 95B9 04B12 96B24 05H3_5 03KK2 00B5 05B19 04B18 04KK1 03H1 93B9 02B14 BWCH13 04B11 05S7 02B14 96B7 04B14 96S2 05S1 96B3 05B21 96B5 96B15 BWCH2 93B7 84S1 02B17 BWCH16 04B4 05H6 03B10 01B3 00B4 02KK2 02B16 05B18 02B3 89B2 02KK1 89B6 83B1 03S2 03KK2 04B7 03B4 96B5 05B17 05KK1 02B2 CH1 99B23 03B2 02B18 97B3 02B7 tt=scan(what="") tt table(tt) sort(table(tt)) tt=scan(what="") table(tt) tt=scan() tt=scan("") 97B22 03B2 BWCH14 02B3 03S1 00B11 96B21 92B3 97B11 96B6 05S1 02B17 96B5 93B11 97B18 97B12 96S2 02B17 03S2 00B5 BWCH1 97B10 95B9 93B10 95B4 01B14 92B12 02KK2 95B9 04B12 96B24 05H3_5 03KK2 00B5 05B19 04B18 04KK1 03H1 93B9 02B14 BWCH13 04B11 05S7 02B14 96B7 04B14 96S2 05S1 96B3 05B21 96B5 96B15 BWCH2 93B7 84S1 02B17 BWCH16 04B4 05H6 03B10 01B3 00B4 02KK2 02B16 05B18 02B3 89B2 02KK1 89B6 83B1 03S2 03KK2 04B7 03B4 96B5 05B17 05KK1 02B2 CH1 99B23 03B2 02B18 97B3 02B7 tt=scan(what="") tt table(tt)[tt] as.numeric(table(tt)[tt]) length(tt) tt q() q() RSiteSearch("kalman likelihood" ) q() L L=function exp(x)/(1+exp(x)) L=function(x) exp(x)/(1+exp(x)) L i=1:100 max(L(i-(19+1)) ) max(L(i-(19+1))*L(-0.5(i-30)) ) max(L(i-(19+1))*L(-0.5(i-30))) L(-0.5(i-30))) L(-0.5(i-30)) max(L(i-(19+1))*L(-0.5*(i-30))) max(L(i-(19+1))*L(-0.5*(i-50))) max(L(i-(19+1))*L(-0.5*(i-30))) max(L(i-(6+1))*L(-0.5*(i-30))) x=seq(0,50,l=1000) max(L(i-(19+1))*L(-0.5(i-30))) max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30))) x[x==max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30)))] x max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30))) tt=max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30)) ) max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30)) ) max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30))) tt=max(L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30))) tt tt tt x[tt=max(tt)] tt tt=L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30)) tt x[tt=max(tt)] tt tt=max(tt) tt=L(x-(6+1))*L(-0.5*(x-30)) x[tt==max(tt)] 6+1/3*(30-6) tt=L(x-(19+1))*L(-0.5*(x-30)) x[tt==max(tt)] 19+1/3*(30-19) a=19 b=30 tt=L(x-(a+1))*L(-0.5*(x-b)) a=20;b=40;tt=L(x-(a+1))*L(-0.5*(x-b)) x[tt==max(tt)] 2/3*a +1/3*b q() x=diag(10) x for(i in 1:9) x[i,i+1]=1 for(i in 1:9) x[i,i+1]=.1 x solve(x9 ) solve(x) for(i in 1:9) x[i,i+1]=.4 solve(x) chol(x) solve(chol(x)) x=diag(50) for(i in 1:9) x[i,i+1]=.4 for(i in 1:49) x[i,i+1]=.4 x solve(chol(x)) ts.plot(solve(chol(x))) ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=.5 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=.6 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=.49 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=.45 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=-.45 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) for(i in 1:49) x[i,i+1]=-.49 ts.plot(solve(chol(x))[1,]) q() history() x=3*diag(10) for(i in 1:9) x[i,i+1]=-1 for(i in 1:9) x[i+1,i+1]=-1 x[1,1]=5 x chol(x) chol(x) x=3*diag(10) for(i in 1:9) x[i,i+1]=-1 for(i in 1:9) x[i+1,i]=-1 x[1,1]=5 x chol(x) solve(chol(x)) x[1,1]=100 solve(chol(x)) x q() 450000*3 450000*3+60000 q() RhelpSearch RSiteSearch("html" ) RSiteSearch("html tables") RSiteSearch(" tables in html") utils:::menuInstallPkgs() library(help=HTMLapplets) utils:::menuInstallPkgs() library(help=R2htlm) library(help=R2html) library(help=R2HTML) ?HTML2clip library(R2HTML) ?HTML2clip x=matrix(1:4,2) HTLM(x) HTML(x) HTMLclip(x) HTML2clip(x) ?HTML2clip source("c:\skaug\software\s\div.s") source("c:\skaug\software\s\ADMButils.s") source("C:\skaug\software\s\ADMButils.s") source("C:/skaug/software/s/ADMButils.s") q() source("C:/skaug/software/s/ADMButils.s") fit2 = par_read("epil2.par") fit2 fit2 = par_read("epil2.par") fit2 source("gen_tables.s") tab2 args(matrix) source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") tab2 source("gen_tables.s") tab2 HTML2clip(tab2) library(R2HTML) HTML2clip(tab2) ?HTML ?HTML.matrix HTML2clip(tab2,align="right") HTML2clip(tab2,caption="Comparison of SAS NLMIXED and ADMB-RE") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") tab2 rbind("",tab2") )

Comparison of SAS NLMIXED and ADMB-RE
ADMB-RESAS1SAS2
b-1.31-1.31-1.31
b 0.88 0.88 0.88
b-0.93-0.93-0.93
b 0.47 0.47 0.47
b-0.27-0.27-0.27
b 0.34 0.34 0.34
log(sigma_1)-0.77-0.77-0.77
log(sigma_2)-3.48-3.48-3.48
rho 0.00 0.00 0.00
log(alpha) 2.01 2.01 2.01

) ) ) ) ) ) ) rbind(tab2) rbind(1,tab2) rbind("",tab2) source("gen_tables.s") tab2 source("gen_tables.s") tab2 source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") f3 = par_read("epi3.par") f3 = par_read("epi3.par") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") tab3 admb3 = c(f2$b,f2$log_sigma,f2$w,f2$log_alpha) admb3 source("gen_tables.s") tab3 admb3 f3 c(f2$b,f2$log_sigma,f2$w,f2$log_alpha) f2$b f2$log_sigma source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") tab3 source("gen_tables.s") tab3 source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") q() source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") library(HTLM) library(HTML) library(R2HTML) source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") sas sas2 admb admb2 source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") source("gen_tables.s") admb2 source("gen_tables.s") tab2 source("gen_tables.s") HTML2clip(tab2, align = "left", caption="Comparison of parameter estimates for SAS NLMIXED and ADMB-RE. SAS1 and SAS2 refers to the different starting values for rho, referred to in the main text.") q()